Giuseppe de Rubeis è il presule che apre il diciassettesimo secolo. Prete diocesano originario di Paganica, il de Rubeis diventa ben presto Consigliere di Filippo II e Uditore di tre Nunzi apostolici a Napoli. Dopo la rinuncia del Pignatelli del 1599, lascia la sede di Ugento, di cui nel frattempo era diventato vescovo, e torna nella sua città. Molto sensibile ai problemi sanitari invita nella sua diocesi l’ordine dei Fatebenefratelli, a cui destina la chiesa di S. Vito alla Rivera. Sotto il suo episcopato il gesuita Sertorio Caputo fonda l’Accademia dei Velati e la Congregazione dei Nobili dedicata all’Assunta. Nel 1605, dopo sei anni di ministero, lascia a malincuore L’Aquila per l’Arcivescovado di Acerenza e Matera. Muore a Paganica nel 1610 e le sue spoglie riposano nella chiesa di S. Maria ad Praesepe.
L’anno successivo viene inviato all’Aquila lo spagnolo Gundisalvo de Rueda. Sotto il suo episcopato la vita diocesana è ravvivata dall’arrivo di numerosi nuovi ordini e congregazioni: nel 1610 i PP. Cappuccini fondano il convento di S. Michele; nel 1611 arrivano in città i Francescani del Terz’Ordine e i Barnabiti; nel 1614 approda in città l’ordine cistercense riformato di S. Bernardo, che occupa l’omonima chiesa sopra la Rivera; nel 1618 i PP. Minimi si insediano nell’attuale chiesa di S. Francesco di Paola. Dopo l’inizio idilliaco cominciano per il de Rueda i primi screzi con gli abati di Lucoli e Amiterno: l’amarezza derivata dai dissidi interni induce il vescovo a chiedere il trasferimento per un’altra sede. Accolta la sua richiesta dal Papa e dal Re, Gundisalvo de Rueda lascia la sede aquilana nella primavera del 1622.
Nel novembre dello stesso anno Alvaro De Mendoza fa il suo ingresso nella diocesi aquilana. L’episcopato del De Mendoza è breve e infelice: lo spagnolo non riesce a ricomporre lo strappo con l’abate di Lucoli e, in seguito all’assassinio ingiusto di alcuni religiosi, lancia l’interdetto a tutta la città. Rattristato da questi fatti chiede di poter tornare alla sua terra d’origine dopo sei anni di non facile governo.
Dopo il trasferimento del De Mendoza, Filippo III nomina vescovo dell’Aquila un altro prelato spagnolo, Gaspare de Gaioso, che regge la sede aquilana fino al 1644. Sotto il suo episcopato Filippo IV divide l’Abruzzo nelle due province Ulteriore e Citeriore, facendo dell’Aquila il capoluogo di quello Ulteriore e la sede della Regia Udienza. Cura la sistemazione della cappella del corpo del beato Vincenzo nel convento di S. Giuliano e benedice la prima pietra dell’Oratorio di S. Filippo Neri, situato a pochi passi dalla cattedrale. Muore nel 1644 compianto da tutti gli aquilani.
Clemente del Pezzo succede sulla cattedra aquilana dopo un anno di sede vacante. Appena giunto il suo ingresso viene rattristato da una serie di scosse telluriche, che però non scoraggiano il presule napoletano. Molto legato alla figura di S. Antonio da Padova, con il beneplacito del magistrato cittadino, eleva questo santo a protettore della città. Contemporaneamente il patrizio Ottavio Nardis erige la piccola chiesa di S. Antonio de’ Nardis. Nel 1649 Del Pezzo convoca il secondo Sinodo diocesano, a cui partecipano duecento ecclesiastici. Viene trasferito nel 1651.
Nel 1654, dopo tre anni di sede vacante, Filippo IV nomina vescovo dell’Aquila il Trinitario spagnolo Francesco Tellio de Leon. L’episcopato del De Leon è breve e funestato dalla peste del 1646. Tornata la pace in città il vescovo rinnova molte norme della Costituzione Capitolare, alcune delle quali sono ancora in vigore. Muore nel 1662 ed è sepolto in cattedrale.
L’anno successivo viene mandato nella diocesi aquilana il napoletano Carlo de Angelis. Il de Angelis è già un famoso giurista e amane del benessere comune. Infatti subito si mette al lavoro per la costruzione del Conservatorio di S. Crisante per le donne pericolanti e per il restauro della chiesa e conservatorio di S. Teresa. Nonostante queste novità, il suo episcopato è rattristato dai centenari diverbi con i vari abati del contado. Disgustato da queste controversie decide di abbandonare L’Aquila e viene trasferito ad Acerra nel 1674.
Lo spagnolo Giovanni Torricella succede al De Angelis dopo un anno di sede vacante. Sfavorito dalla pessima condizione politica della città e dai dissidi interni al clero si dimette il 24 maggio 1681.
Brevissimo è l’episcopato del successore Angelo Tipaldi, che governa spiritualmente la città per soli otto mesi. Muore il 18 marzo 1682 e viene sepolto in cattedrale.
Dopo un anno di vacanza la diocesi aquilana viene affidata alle cure dell’agostiniano spagnolo Ignazio de la Zerda, uno dei più dotti oratori della corte madrilena. Appena giunto in diocesi cerca di risolvere i centenari contenziosi tra la sede episcopali e le varie abbazie del circondario. L’animo generoso del vescovo è rivolto soprattutto agli emarginati della società del tempo: le ragazze da marito, i poveri e gli ebrei. Il 3 febbraio 1687 nella chiesa di S. Margherita battezza un giudeo e gli dà il suo stesso nome. Nel 1700 iniziano i veri guai per il presule, che era entrato in contrasto con la Regia Udienza per un omicidio in cui era coinvolto anche un chierico. Esiliato dalla città, ripara a Rieti dove muore il 29 settembre 1702.